二、中途岛的登陆编队(近藤部队)派出部分兵力掩护运输船队并暂时撤往西西；
三、第二机动部队(角田部队)火速加入第一机动部队(南云部队)；
四、第二潜艇战队和第五潜艇战队在丙警戒线上展开（丙警戒线的位置是在西经168度，北纬26度到36度之间。）
此时山本最关心的是在中途岛海域美军究竟还有多少兵力，因为这是制定下一步作战计划时必须加以考虑的。虽然机动编队的3艘航母都失去了战斗力，但“飞龙”号还完好无损。此外，还可採取水面夜战以及别的攻击手段。但是压制美军岸基航空兵只能依靠航母，而第一次空袭中途岛的结果还不清楚，所以联合舰队参谋长宇垣少将致电南云，要求详细报告第一次空袭的结果，但没有回答。山本判断，第一攻击波的攻击不会很成功的，这可从友永建议对中途岛实施第二次空袭得到证明。山本因此担心，如果不立即摧毁中途岛的航空基地，美军可能从夏威夷调去更多的飞机，这样的话，占领中途岛就更难了。联合舰队首席参谋黑岛大佐建议，派出一支水上舰艇部队对中途岛实施夜间炮击，山本立即採纳了这个建议，命令离中途岛最近并有高速军舰的近藤部队主力去执行这一任务。山本还决定，把原定的中途岛和阿留申群岛的登陆作战推迟到歼灭敌航母以后。根据这些决定，山本于13时10分又发出了第156号命令：
一、採取c号作战方案；
二、中途岛登陆编队派出部分兵力于今夜炮击并摧毁中途岛航空基地；
三、中途岛和阿留申登陆作战暂时推迟。
‘c号作战方案’是指集中中途岛和阿留申方面的全部兵力，与敌舰队进行决战。
在下达上述命令一个多小时以前，即11时50分，山本收到南云转移到“长良”号后的第一次来电，报告他的三艘航空母舰受到的破坏程度和打算用他尚存的兵力攻击敌舰队，然后北撤。14时30分，“大和”号又收到南云发给在阿留申群岛的第二机动部队的电报：
一、6月4日14时，第一机动部队的位置是北纬30度48分，西经178度31分。我拟向东，歼灭敌特混舰队后北上。
二、望第二机动部队速与我会合。
16时15分，山口报告击伤美军两艘航母，这使山本心里还有一丝安慰。人们一心指望着角田海军少将的‘龙骧’号和‘隼鹰’号2艘航母迅速南下，支援南云部队，但15时30分角田复电：“第二机动部队收回攻击荷兰港的飞机后，立即南下。6日晨，我部将在北纬44度40分，西经176度20分加油后南下，与第一机动部队会合。6月4日15时，我部位于荷兰港西南一百二十海里处。”
这份电报清楚表明，角田部队仍按计划冒着大雾袭击了荷兰港，但是也说明，在8日下午以前，角田部队不可能到达中途岛地区参加战斗。
17时55分，山本又收到南云电报，“飞龙”号中弹起火。最后一艘航母也失去了作战能力。
19时15分，山本向他的全体部队下达了第158号电令：
一、敌舰队已几乎被我歼灭，正在东撤中；
二、附近的联合舰队各部队正准备追击残敌，并同时占领中途岛；
三、6月5日3时正，主力将到达北纬32度08分，东经175度45分，航向90度，航速20节；
四、机动编队、登陆编队(除第七巡洋舰战队)和潜艇部队，即将接触并攻击敌人。
日军渴望通过夜战来挽回败局，但是这种希望显然已不可能实现，因为21时30分，南云报告说：“敌兵力共有5艘航空母舰、6艘巡洋舰和15艘驱逐舰。敌人在西航中。我军掩护‘飞龙号’向北西撤退，航速十八节。”
“南云部队不打算夜战啦!”宇垣参谋长沮丧地说，但山本仍决意要进行夜战，为确保夜战胜利，必须要有统一的指挥，因此命令近藤统率夜战部队。
但是很明显，拂晓前同美军舰队接触的希望极小，日军的最后一线希望也慢慢地熄灭。
‘大和’号上的联合舰队司令部在放弃了夜战的想法之后，马上即转而考虑下一步行动。每一个人心里都认识到已经被打败了，但没有一个人建议中止作战。相反地，他们都拼命想方设法要从失败中捞回一些东西，犹如溺水者拼命抓住水中的稻草一样。
各种各样的补救方法都提了出来，有建议用‘瑞凤’号和‘凤翔’号两艘轻型航母上不多的飞机，加上战列舰、巡洋舰上的全部水上飞机组成一支航空队，再去攻击敌舰队。
也有人主张，应按照原定计划由近藤部队的重巡洋舰执行对中途岛航空基地进行夜间炮击。
还有人乐观地认为，战列舰的高射炮火足以击退美军航母对山本部队的攻击。
黑岛海军大佐根据大家的意见制定出的初步方案更为荒唐，该方案要求所有战列舰，包括“大和”号在内，于6月5日白天逼近中途岛，用大口径主炮轰击中途岛的航空基地。
这个荒唐的方案交给了联合舰队司令部参谋长宇垣，还有几分理智的宇垣认为这是一个为了保全面子、不顾一切、自取灭亡的方案，他直截了当地否定了这个计划。
有些人想到要为战败担负责任，觉得不能忍受，他们为争取一个挽回面子的机会，不惜弧注一掷。有一位军官再清楚不过地反映了这种态度，他向宇垣抗议说：“那我们怎么向天皇陛下交待呢?”