不久从中途岛起飞的39架b—17轰炸机也飞来助战，‘飞龙’号再度中弹，伤势更重。21时23分，‘飞龙’号完全丧失航行能力，并因为大量进水，倾斜增加到十五度。第十驱逐舰分队司令阿部俊雄海军大佐的旗舰‘风云号’靠在航母旁边，协助灭火，并为艰苦奋战的舰员提供食物和饮水，‘夕云号’驱逐舰则在旁警戒。
最后，眼看回天无力，山口通过‘风云’号驱逐舰向南云报告，他已下令弃舰。
凌晨2时30分，山口对集合在甲板上的大约八百名舰员最后训话：“我身为航母战队司令官，对‘飞龙’号和‘苍龙’号的损失负全部责任。我将与本舰共存亡，我命令你们全体离舰，继续为天皇陛下效忠。”
山口的参谋请求跟他一起留在舰上，但被山口坚决拒绝了。他们只好忍痛以水代酒与山口黯然饮别，山口随手把他的黑色战斗帽送给了首席参谋伊藤海军中佐，作为纪念。第十驱逐舰分队司令阿部海军大佐亲自来到‘飞龙’号上，再三请求山口和加来舰长离舰，也没有达到目的。
遵照山口的最后指示，阿部海军大佐下令‘风云’号和‘夕云’号驱逐舰击沉‘飞龙’号。5时10分，‘风云’号和‘夕云’号向‘飞龙’号发射了鱼雷，在一阵震耳欲聋的爆炸声后，‘飞龙’号缓缓下沉。
就在美国舰载机对日本联合舰队‘飞龙’号航母的攻击结束时，舰载机回到美国航母上空，盘旋着等待降落。
突然一架美国鱼雷攻击机发现在‘企业’号航母附近的海面上有一个异样的东西在水面上浮动，飞行员好奇的按低机头查看，等他降低高度接近海面的时候，他看清楚那是什么东西了。
他立即在无线电里叫道：“发现不明潜艇。发现不明潜艇。。。。。。。”还没有等他说完，就看到四条雪白的航迹出现在海面上。
东方战线 中途岛战役的结束（下）
在‘企业’号航母上的观测哨稍后也发现了那四条雪白的鱼雷航迹，他激动的大声喊道：“左舷发现4条鱼雷，距离8000英尺。”
在船长室里面的‘企业’号航母舰长哈迪森上校听到了观测哨的报告，立即下令：“停止接收飞机，全速前进，左满舵。”
由于此时已经是黄昏时分，在飞行甲板上的美国海军航空军官除了操纵探照灯发出停止降落的信号，并且向天空挥舞着手里的萤光棒，要求在天空盘旋等待降落的飞机继续盘旋，轮机舱里的水兵也在疯狂的忙碌着。而航母巨大的舵则在操纵室里的水兵拼命操作下扭到了最大角度，‘企业’号航母疯狂的在海面上划出了一个大圆圈，试图躲避那四条射来的鱼雷。而航母上能够的着这些鱼雷的武器则拼命向鱼雷开火，试图在鱼雷接近前就能击毁它们。
当‘企业’号航母上的观测哨看着那四条雪白的航迹快速向航母逼近，舰上的火炮发射的炮弹在水里爆出一朵朵水花，他不知道‘企业’号航母能否躲过四条鱼雷，不停在祈祷上帝，并在胸口划着名十字。
上帝好像是站在美国人这边，随着航母的疯狂左转弯，四条鱼雷航迹终于没有命中‘企业’号航母，从‘企业’号航母的船尾射向远方。
‘企业’号航母上的观测哨看着那四条鱼雷航迹射向远方，一边划着名十字，一边在嘴里念叨：“赞美圣母玛利亚。。。。。。。。”
还没有等他念完，脚下的军舰突然猛烈的一震。随后就听见了沉闷的爆炸声从下面传了上来。
这就是多蒙德的狡猾的地方，他先是使用了4条g7a蒸汽鱼雷，这种鱼雷设计比较简单，採用蒸汽驱动单桨推进，最大航速为44节，射程6千米，最大缺陷是在航行过程中产生的大量气泡形成的明显尾迹，但多蒙德知道自己潜艇所占领的发射阵位并不好，距离美国航母相当远，如果在这个距离上发射鱼雷未必能击中美国航母，但是靠近航母这个办法也由于美国航母现在正在高速航行，凭藉自己潜艇在水下的速度是很难到达一个良好的鱼雷发射阵位的。现在与其犹豫浪费时间还不如铤而走险，因此他先发射了4条蒸汽鱼雷，以吸引美国航母的注意力，他估计美国航母在发现鱼雷后会全速前进并使用左满舵来躲避他所发射的鱼雷。因此他还装了两条g7e（iii）改进型电动鱼雷，此鱼雷外形上和g7a区别不大，但动力装置改为一台100马力的电动机，鱼雷尾部安装两个反向旋转的螺旋桨进行推进。g7e鱼雷没有明显的尾迹，在以30节航速航行时射程为7.5千米。向他推算美国航母在发现鱼雷来袭，作出全速前进和左满舵后的方位射了过去。
在鱼雷发射结束后多蒙德上尉立即收起潜望镜并发出命令：“航向转向西北150度，潜深150米，潜艇双车二分之一动力。”
‘企业’号航母舰长哈迪森上校也感觉到脚下的军舰甲板剧烈的震动了一下，经验丰富的他很快就察觉到那是鱼雷的爆炸，看来水下的敌人发射的不止那4枚被躲过的鱼雷，他很快就镇定下来，拿起通话器发出命令：“我舰已被敌潜艇发射鱼雷击中，各部门报告损失。”然后要信号兵用灯光信号告诉周围的护航驱逐舰，航母已经被敌人的潜艇发射的鱼雷给命中，要求他们派出增援部队协助航母进行损管作业，同时命令空中盘旋待降的飞机到‘大黄蜂’号航母上降落。